Le parcours des Amériques est subdivisé en deux grandes parties : une première qui présente « les Amériques du 17e siècle à nos jours » ; une seconde qui traite de « l’Amérique préhispanique » d’avant la conquête européenne.

Depuis l’ouverture du musée en 2006, le parcours des Amériques a connu de très importantes modifications muséographiques. Plus de 80% des vitrines ont été repensées et rénovées, au gré des nouvelles acquisitions, des impératifs liés à la conservation des œuvres, mais aussi de la volonté de porter un regard renouvelé sur les 100.000 œuvres du fonds américain.