El recorrido de América se divide en dos grandes partes: la primera presenta «la América del siglo XVII hasta la actualidad» y la segunda trata «la América prehispánica», anterior a la conquista europea. A la entrada del recorrido, en la intersección de las zonas de «África» y «América», hay un espacio dedicado a las culturas afroamericanas.

Desde la inauguración del museo en el 2006, el recorrido de América ha experimentado importantes modificaciones museográficas. Más del 80 % de las vitrinas han sido rediseñadas y renovadas por la adquisición de nuevas obras y los requisitos de conservación, pero también por la voluntad de dar una nueva perspectiva a las 100 000 obras del fondo americano.