Directeur d’Etudes à l’École des Hautes Etudes en Sciences Sociales à Paris, il est ou a été enseignant dans plusieurs établissements d’enseignement supérieur en Afrique, en Amérique du nord et en Europe.                      
Elikia M'Bokolo participe à la conférence internationale contre le racisme et la xénophobie organisée par l'UNESCO à Durban (Afrique du Sud) en septembre 2001.     
Producteur de l’émission Mémoire d’un continent, magazine hebdomadaire de Radio France Internationale dédié à l'histoire du continent africain et de ses diasporas, il a conçu et produit, avec Philippe Sainteny, les coffrets de CDs Afrique. Une histoire sonore (1960-2000) en 2001, et L'Afrique littéraire. 50 ans d'écritures (2008).      
Elikia M’Bokolo a également été conseiller scientifique du documentaire White King, Red Rubber, Black Death (BBC, Arte, 2005) de Peter Bate, consacré à l’Etat Indépendant du Congo, et co-auteur du coffret de DVD Afrique(s), une autre histoire du XXème Siècle (INA éditions, 2010) réalisés par Alain Ferrari et Jean-Baptiste Péretié.

Il est par ailleurs l’auteur de nombreux ouvrages sur l’histoire de l’Afrique pré et post-indépendante, parmi lesquels :
L’Afrique au XX^e siècle : le continent convoité (Le Seuil, 1985), Afrique noire. Histoire et civilisations (2 volumes, Hatier, 1995 et 2004), Au cœur de l’ethnie, avec Jean-Loup Amselle (La Découverte, 1999). Il est également co-auteur du Livre noir du colonialisme, ouvrage collectif publié sous la direction de Marc Ferro (Robert Laffont, 2003), de Petit précis de remise à niveau sur l'histoire africaine à l'usage du président Sarkozy avec Adamé Ba Konaré (La découverte, 2008). En 2009, il publie l’essai Méditations africaines-Omar Bongo et les défis diplomatiques d’un continent aux éditions l’Archipel.