L’exposition permanente présente environ 3500 œuvres réparties par zones géographiques : Océanie, Asie, Afrique et Amériques. Le parcours suit une allée centrale conçue à l'image d’une rivière, illustrant à la fois l'originalité des civilisations et leurs contacts.

Des changements muséographiques réguliers renouvellent les thématiques des vitrines et permettent la conservation des œuvres fragiles ne supportant qu'une courte durée d'exposition.