Rassemblées du XVIe au XVIIIe siècle au sein de cabinets de curiosités, les plus anciennes collections amérindiennes du musée sont des témoins des peuples nouvellement reconnus dans les colonies établies aux Antilles, en Amérique du Sud et en Nouvelle-France (Canada et États-Unis actuels).
Au XIXe siècle, les explorateurs ont plutôt privilégié les antiquités du Mexique et du Pérou, tandis que les collectes scientifiques des archéologues et des ethnologues du XXe siècle se rapportent à l'ensemble des Amériques.
